Uno de los procedimientos tributarios más utilizados por los contribuyentes es el de rectificación de autoliquidación. Básicamente, consiste en indicarle a la Administración que la autoliquidación presentada adolece de errores, o de una interpretación de la norma que se considera equivocada. Y que por ello se quiere rectificar y solicitar la devolución de ingresos indebidos que proceda.
La STS de 4-2-2021 y la prescripción del derecho a volver a solicitar la rectificación de autoliquidación con fundamento en motivos distintos a los que se alegaron en su día
Sabido es que el Tribunal Supremo, en sentencia de 4-2-2021, ha permitido volver a solicitar la rectificación de la autoliquidación en relación con un mismo elemento de la obligación tributaria. Ello, siempre que esta nueva rectificación se base en motivos distintos, y sobrevenidos, a los que ya se alegaron en su día.
En este caso, es evidente que la primera solicitud de rectificación planteada interrumpió la prescripción del derecho a solicitar la devolución de ingresos indebidos. Y que por tanto esta nueva solicitud basada en motivos distintos podrá plantearse siempre que no hayan transcurrido más de cuatro años desde que se resolvió la anterior.
Sin embargo, esa interrupción de la prescripción puede ponerse en duda cuando la segunda solicitud de rectificación de la misma autoliquidación se refiera a un elemento de la obligación tributaria totalmente distinto al que se rectificó la primera vez.
La prescripción del derecho a solicitar la rectificación, cuando la primera solicitud se referió a un elemento de la obligación tributaria distinto al ahora rectificado
En efecto, se trata de una prescripción distinta. Y es que en este caso la segunda rectificación, aunque lo es de la misma autoliquidación, se refiere a un elemento de la obligación tributaria distinto del que se rectificó la primera vez. Es lo que ocurre, por ejemplo, si la primera solicitud se refería a los rendimientos del trabajo de una autoliquidación del IRPF. Y la segunda a la exención por reinversión de una ganancia patrimonial de esa misma autoliquidación.
Y la duda que se plantea en estos casos es la relativa a si la primera solicitud de rectificación interrumpe el plazo de prescripción en relación con todos los elementos de la obligación tributaria (los rectificados y los no rectificados). O si, por el contrario, esa primera solicitud sólo interrumpe la prescripción respecto a los concretos elementos rectificados (en el ejemplo planteado, únicamente los rendimientos del trabajo). Y en consecuencia, el plazo de prescripción sigue corriendo respecto a lo no rectificado.
La cuestión tiene gran importancia porque es habitual que se pretenda la segunda rectificación de la misma autoliquidación ya rectificada por el conocimiento de un nuevo criterio doctrinal. Y que el contribuyente se encuentre en ese caso con la dura realidad de que la primera solicitud que planteó no interrumpió la prescricpión del derecho a solicitar la rectificación que ahora se pretende. Ello, por tratarse de un elemento de la obligación tributaria distinto.
Pues bien, ¿cuál es el criterio de Hacienda? Y más importante todavía, ¿qué están diciendo los Tribunales sobre esta cuestión?
El restrictivo criterio de la Administración Tributaria
Estamos ante una cuestión sobre la que ya se ha pronunciado el Tribunal Económico-Administrativo Central (TEAC) en diversas ocasiones. Ejemplo de ello son sus resoluciones de fecha 18-1-2018 (00-1915-2015), 8-3-2018 (00-3985-2014) y de 27-10-2020 (00-1470-2019). Además, este criterio se mantiene en posteriores resoluciones de 18-12-2023 (00-6489-2023) y de 19-11-2024 (00- 3540-2024), y en la más reciente resolución de 31-3-2025 (00-1804-2025).
Interrupción de la prescripción, pero limitada sólo a lo rectificado
Pues bien, en estas resoluciones afirma el TEAC que “es doctrina reiterada de este TEAC que la presentación de una solicitud de rectificación de autoliquidación sólo genera una válida interrupción de la prescripción del derecho previsto en el artículo 66 c) LGT de solicitar las correspondientes devoluciones tributarias y que se quiere ejercer con la presentación de una segunda solicitud de rectificación, cuando se aprecie una identidad objetiva entre la devolución pretendida al amparo de la primera rectificación y la segunda solicitada; identidad objetiva que sólo concurre si ambas solicitudes se refieren al mismo concepto tributario, período y pretensiones.”
«La duda que se plantea es la relativa a si la primera solicitud de rectificación interrumpe el plazo de prescripción en relación con todos los elementos de la obligación tributaria (los rectificados y los no rectificados). O si, por el contrario, esa primera solicitud sólo interrumpe la prescripción respecto a los concretos elementos rectificados»
Además, en las resoluciones del TEAC citadas se afirma también que “a efectos de la prescripción del derecho a solicitar una devolución de ingresos indebidos, resulta particularmente importante concretar los motivos en los que se funda cada petición / solicitud puesto que las actuaciones que se deriven de cada una de ellas desplegarán efectos interruptivos únicamente en relación a la que las origine”.
Sin embargo, estamos ante una invención del TEAC. Y es que en ningún precepto se hace referencia a que los motivos de rectificación alegados por el contribuyente sean relevantes a la hora de determinar la interrupción total o parcial de la prescripción del derecho a solicitar la devolución de ingresos indebidos.
El doble rasero del TEAC para con la Administración Tributaria
Por si fuera poco, el TEAC aplica un dobre rasero a contribuyentes y Administración. Y es que si es la Administración la que pretende dictar liquidación, no se verá limitada por el hecho de que la rectficación planteada por el contribuyente fuera parcial, y no de toda la obligación tributaria. Y podrá comprobarlo todo, lo rectificado y no lo no rectificado. Ello, porque la primera solicitud de rectificación habrá interrumpido la prescripción de todos los elementos de la obligación tributaria, incluso los no rectificados.
Así lo declara el TEAC en su resolución de 27-10-2020 (00-1470-2019), ante la alegación planteada por el contribuyente referida a que el Tribunal Supremo sí considera que la rectificación de autoliquidación relativa a algunos elementos de la obligación tributaria interrumpe la prescripción del derecho a liquidar en relación con la totalidad de la obligación tributaria.
Pues bien, la respuesta del TEAC es la de que “las Sentencias del Tribunal Supremo que trae a colación al recurrente se refieren a la interrupción del derecho de la Administración a determinar la deuda tributaria mediante la correspondiente liquidación por las solicitudes de rectificación de autoliquidaciones formuladas por los obligados tributarios, supuesto que difiere al que nos encontramos en el presente caso, donde lo que se invoca es la interrupción del derecho a solicitar la devolución de ingresos indebidos.”
Se refiere en concreto en que en ese caso la prescripción involucrada sería la del derecho a liquidar (66.a, LGT) y sus causas de interrupción (68.1.c, LGT). Y no la del derecho a solicitar la devolución de ingresos indebidos (artículo 66.c, LGT, y su interrupción según artículo 68.3.a, LGT).
Sin embargo, es totalmente incoherente sostener que la misma solicitud de rectificación parcial de una autoliquidación tiene efectos distintos para Administración y contribuyente. Y es que mientras dicha rectificación no limita a la Administración, que puede utilizarla para considerar reiniciado el plazo de prescripción respecto a todos los elementos de la obligación tributaria, sí que lo hace con el contribuyente, que ve como el plazo de prescripción del derecho a rectificar el resto de los elementos de la obligación tributaria no incluidos en la anterior solicitud, sigue corriendo sin solución de continuidad.
La interpretación del Tribunal Supremo y la Audiencia Nacional
Afortunadamente, estamos ante una batalla que merece la pena librar, porque el criterio de los Tribunales es muy distinto al de Hacienda. Prueba de ello es la doctrina judicial establecida por el Tribunal Supremo y la Audiencia Nacional.
La sentencia del Tribunal Supremo de 31-5-2016
En efecto, el Tribunal Supremo, en sentencia de 31-5-2016 (recurso 58/2015) abordó la interrupción del plazo de prescripción del derecho a dictar liquidación (66.a, LGT). Ello, en un supuesto en el que el contribuyente solicitó la rectificación de la autoliquidación pero únicamente en relación con algunos de los elementos de la obligación tributaria.
En ese caso, alegó el contribuyente que “no tiene sentido que si la Inspección no efectuó tarea alguna dirigida a la comprobación del ejercicio 2001 cuando estaba habilitada para ello, se considere que esta acción queda interrumpida por una acción unilateral del sujeto pasivo mediante la que solicita que se reconozca en su favor una devolución de ingresos indebidos dimanante de la incorrección de un aspecto concreto, parcial y singular de la declaración-liquidación inicialmente presentada.”
Pues bien, frente a tal pretensión afirma el TS en la referida sentencia que “Es cierto que las solicitudes de rectificación de autoliquidación con petición de devolución de ingresos no se citan como tales por el art. 68.1, y que la actuación de la Administración en estos casos se suele centrar en determinar si procede la devolución, como consecuencia de un error de derecho a la hora de formular la autoliquidación padecido por el propio contribuyente, sin que proceda realizar una liquidación que perjudique al contribuyente. Sin embargo, hay que reconocer que en ocasiones, el procedimiento puede finalizar mediante resolución en la que se acuerde la rectificación, incluyendo una liquidación provisional cuando afecte a algún elemento determinante de la cuantificación de la deuda tributaria efectuada por el obligado tributario. En estos casos hay que entender que la solicitud de rectificación se encuentra incluida en la letra c) del art. 68.1 de la Ley.”
En definitiva, la sentencia se refiere a un supuesto de interrupción de la prescripción del derecho a dictar liquidación. Pero lo que está claro es que la solicitud de rectificación de la autoliquidación interrumpió la prescripción de dicho derecho en relación con todos los elementos de la obligación tributaria (en ese caso, IS 2001 y 2002), aunque aquélla no se refiriera a todos los elementos de la obligación tributaria.
Además, recalca el Tribunal supremo que idéntica solución era predicable respecto a supuestos ocurridos bajo la vigencia de la anterior LGT 1963. Así lo declaró el Alto Tribunal en sentencia de 14-7-2011 (recurso 212/2007).
La sentencia de la Audiencia Nacional de 23-6-2021
Que además la Audiencia Nacional, en sentencia de 23-6-2021 (recurso 346/2018), se ha referido al concreto supuesto de interrupción de la prescripción planteado. Ello, anulando precisamente una resolución del TEAC, y declarando que “la solicitud de rectificación presentada por el contribuyente en 2011 respecto del Impuesto sobre Sociedades del ejercicio 2006 se encuentra incluida en el art. 68.1.c) de la LGT y, por ende, interrumpió el plazo de prescripción del derecho de la Administración para determinar la deuda tributaria mediante la oportuna liquidación respecto de dicho ejercicio.»
Además, la Audiencia Nacional rechaza expresamente la tesis de la Administración afirmando que «Ese efecto interruptivo de la prescripción, según la jurisprudencia citada, alcanza a todo el ejercicio 2006, sin que pueda estimarse la tesis de la Administración de que solo afecta a los mismos conceptos tributarios, periodos y pretensiones a que se extendía la solicitud de rectificación de la autoliquidación. (…) Conclusión que alcanzamos, a los efectos del art. 126.2 del Real Decreto 1065/2007, respecto del art. 68.1.c) de la LGT, pero que también debe extenderse al art. 68.3.a) de la LGT, en la medida en que esta última norma incluye, entre los supuestos de interrupción de la prescripción del derecho a solicitar la devolución correspondiente, «cualquier actuación fehaciente del obligado tributario que pretenda la devolución, el reembolso o la rectificación de su autoliquidación».«
Todo ello para concluir que «en el ámbito del art. 68.3.a) de la LGT, hemos de entender que la interrupción de la prescripción declarada no admite la restricción formulada en la resolución impugnada, sino que, por el contrario, el efecto interruptivo se extiende a todo el ejercicio 2006 del Impuesto sobre Sociedades. No sería consistente con la jurisprudencia del Tribunal Supremo a que hemos hecho reiterada alusión que, en las condiciones declaradas, la solicitud de rectificación formulada en 2011 tuviera eficacia incondicionada para interrumpir la prescripción respecto del ejercicio 2006 del Impuesto sobre Sociedades a los efectos del art. 68.1.c) de la LGT y no, en cambio, a los efectos del art. 68.3.a) del mismo Texto Legal, cuando precisamente este último precepto incorpora expresamente como uno de los supuestos de interrupción de la prescripción del derecho a solicitar la devolución correspondiente “cualquier actuación fehaciente del obligado tributario que pretenda…la rectificación de su autoliquidación».»
Vemos, en consecuencia, cómo los Tribunales no comparten el criterio defendido por la AEAT, ni por el TEAC, motivo por el que estamos ante un criterio administrativo que debe combatirse.
El TEAC hace oídos sordos e ignora la interpretación judicial
Como hemos indicado, la sentencia de la Audiencia Nacional parcialmente trascrita anula una resolución del TEAC, motivo por el que este Tribunal debiera plantearse modificar o corregir su doctrina. Ello, teniendo en cuenta además que la Audiencia se basa en la previa interpretación del Supremo sobre la interrupción de la prescripción del derecho a dictar liquidación.
Pues bien, no parece que vaya a ser el caso. Y es que a pesar de que el TEAC es perfectamente consciente de que la Audiencia Nacional no ha aceptado su doctrina, no se plantea revisarla.
Prueba de ello es la recientísima resolución de 31-3-2025 (00-1804-2025), en la que declara que “este TEAC es conocedor de que la Audiencia Nacional, con ocasión del recurso presentado por la mercantil que fue interesada en la resolución de este TEAC de 8 de marzo de 2018 (RG 3985/2014) anteriormente citada, no ha aceptado el criterio doctrinal de este TEAC relativo a los efectos interruptivos de las solicitudes de rectificación del derecho previsto en el artículo 66 c) LGT (SAN de 23/06/2021, recurso 346/2018).”
Y añade que “si bien dicha sentencia es firme, debe resaltarse que el criterio que sobre la interrupción de la prescripción mantiene la Audiencia Nacional en dicha sentencia, no puede considerarse aceptado por este Tribunal Central (en cuanto firme), pues la falta de impugnación de la sentencia por parte de Administración del Estado tiene su razón de ser en que, si bien la Audiencia Nacional no ha aceptado en la citada sentencia nuestra doctrina reiterada, el fallo de la citada sentencia fue desestimatorio del recurso contencioso-administrativo, declarando nuestra resolución RG 3985/2014 ajustada a derecho.”
Es decir, que el TEAC no acepta la doctrina de la Audiencia Nacional. Y que si no recurrió tal sentencia fue porque la misma acabó dándole la razón por otros motivos. Sin embargo, la discrepancia sigue abierta y el TEAC mantendrá su doctrina.
Cómo deben actuar los contribuyentes
En definitiva, lo afirmado hasta ahora debe poner sobre aviso a los contribuyentes. Y es que si plantean una segunda rectificación de un elemento de la obligación tributaria distinto al ya rectificado en su día, Hacienda examinará la prescripción sin atribuir efectos interruptivos a la primera rectificación planteada.
Por ello, en la medida en que esta segunda rectificación de autoliquidación respete el plazo de prescripción originario, se evitarán muchos problemas.
No obstante lo anterior, ya hemos visto que hay argumentos de sobra para defender que la primera rectificación de autoliquidación parcial tuvo efectos interruptivos de la prescripción sobre todos los elementos de la obligación tributaria. Así que el hecho de que ésta se plantee fuera del plazo de prescripción originario no debe ser un obstáculo para no intentarlo. Ello, viendo que los Tribunales respaldan esta interpretación.
