La comprobación del IVA prescrito por parte de Hacienda es una posibilidad que sorprende a muchos contribuyentes, pero que el Tribunal Supremo acaba de confirmar en una sentencia de 23 de julio de 2026 (recurso 5852/2023). José María Salcedo ha publicado un análisis completo de este pronunciamiento en su blog David contra Goliat, alojado en Idealista, donde se explica con detalle el caso concreto que llevó al Alto Tribunal a fijar doctrina de interés casacional.
¿Puede Hacienda comprobar un ejercicio ya prescrito?
La respuesta, según la Ley General Tributaria, es afirmativa. El artículo 66 bis de la LGT, introducido por la Ley 34/2015, establece que la prescripción del derecho a liquidar un impuesto no impide a la Administración comprobar e investigar ese mismo ejercicio. El artículo 115 añade el matiz esencial de que esa comprobación solo procede cuando resulte necesaria para liquidar correctamente otro ejercicio posterior que todavía no haya prescrito.
La comprobación del IVA prescrito, en el caso resuelto por el Supremo, se produjo precisamente sobre un saldo de IVA deducible generado en un ejercicio ya prescrito, y con el fin de negar su compensación en ejercicios posteriores no prescritos. La entidad mercantil recurrente no discutía la posibilidad legal de comprobación, sino que sostenía que los saldos de IVA pendientes de compensar no encajan en las categorías de «cuotas compensadas» o «bases imponibles negativas» a las que se refieren literalmente los artículos citados.
El criterio del Tribunal Supremo: los «créditos fiscales»
El Supremo rechaza esta distinción. Fija como doctrina que lo relevante no es la nomenclatura tributaria concreta, sino la existencia de un «crédito fiscal», concepto que la Exposición de Motivos de la Ley 34/2015 acuñó para englobar cualquier ventaja fiscal generada en un ejercicio y cuyos efectos se proyectan sobre ejercicios posteriores. Excluir los saldos de IVA de esta previsión, señala el Tribunal, supondría un trato distinto para situaciones equivalentes, sin apoyo en la letra ni en la finalidad de la norma.
Esta interpretación tiene un alcance que va más allá del IVA. La misma lógica se aplica a las bases imponibles negativas del Impuesto sobre Sociedades, generadas en un ejercicio prescrito pero compensables en ejercicios posteriores con beneficios; al valor de adquisición declarado en el Impuesto sobre Sucesiones y Donaciones, si se considera inferior al de mercado y repercute en una ganancia patrimonial futura; o a la exclusión de módulos en ejercicios prescritos, con efectos sobre la tributación en estimación directa de ejercicios posteriores.
Consecuencias prácticas de la comprobación del IVA prescrito: diez años para conservar la documentación
El plazo de prescripción del que dispone Hacienda para iniciar esta comprobación es de diez años desde el último día que hubo para presentar la declaración en la que se generó el saldo o crédito fiscal. Esto significa que la comprobación IVA prescrito puede llegar mucho después de que el contribuyente considere cerrado ese capítulo.
De ahí la importancia práctica de conservar, durante ese plazo de diez años, la documentación que acredite la realidad y la cuantía del crédito fiscal que sigue proyectando efectos. Si llega la comprobación y el contribuyente no puede acreditar documentalmente el origen del saldo, sus posibilidades de defensa se reducen de forma considerable, con independencia de que después pueda recurrir tanto la comprobación del ejercicio prescrito como la liquidación dictada sobre el ejercicio no prescrito.
En definitiva, que un ejercicio haya prescrito no lo convierte en intocable si lo declarado en él continúa produciendo efectos fiscales años después. Conviene planificar la conservación de la documentación pensando en un horizonte de diez años, no de cuatro.
A quién afecta especialmente esta doctrina
La comprobación IVA prescrito interesa de forma particular a las empresas que arrastran saldos de IVA deducible de un ejercicio a otro, algo habitual en sectores con fuertes inversiones iniciales o con IVA soportado superior al repercutido durante varios años. Esta doctrina también resulta relevante para sociedades con bases imponibles negativas pendientes de compensar en el Impuesto sobre Sociedades, para herederos o donatarios que declararon un valor de adquisición bajo en el Impuesto sobre Sucesiones y Donaciones, y para contribuyentes que en su día quedaron excluidos del régimen de módulos.
En todos estos supuestos conviene revisar si existen créditos fiscales generados hace más de cuatro años que todavía se estén aplicando en las declaraciones actuales. La antigüedad del ejercicio de origen ya no es, por sí sola, garantía de que Hacienda no vaya a revisarlo.
En la sección de casos de éxito de este despacho pueden consultarse otros supuestos de litigios similares frente a comprobaciones tributarias sobre ejercicios prescritos.
Si se ha recibido una comprobación de este tipo, o existen dudas sobre cómo actuar ante una inspección que revisa ejercicios ya prescritos, desde Salcedo Tax Litigation & Legal Advising se puede analizar el caso concreto y valorar las opciones de defensa disponibles.
